陰莖珍珠狀丘疹與尖銳濕疣鑒別診斷要點在于前者損害局限于龜頭的邊緣，損害數目較多，為珍珠狀乳白色丘疹，表面光滑，損害隨病程延長不增大，醋酸試驗陰性；而后者損害不限局于龜頭的邊緣，多單個散在，損害較大，表面不光滑，且多呈菜花狀，隨病程延長逐漸增大，醋酸試驗陽性，組織病理檢查見凹空細胞。