尖銳濕疣的鑒別診斷十分重要，一旦有誤診對患者造成很大的精神傷害。尖銳濕疣常需與生殖器癌、扁平濕疣、假性濕疣、生殖器鮑溫樣丘疹病及珍珠樣丘疹病鑒別。

　　(1)生殖器部位癌　邊界不清，癌有明顯的浸潤，常形成潰瘍，有時應進行病理組織學檢查。

　　(2)扁平濕疣　為梅毒二期皮疹。扁平濕疣基底寬，無蒂，外觀扁平，疣面潮濕、光滑。暗視野顯微鏡檢查可找到梅毒螺旋體，梅毒血清反應為陽性。詳見梅毒部分。

　　(3)假性濕疣　又稱女性絨毛狀小陰唇，在女性的小陰唇上出現魚卵狀、排列規則的增生物。

　　(4)生殖器鮑溫樣丘疹病　本病較少見，主要與人類乳頭瘤病毒16型感染有關。表現為生殖器部位多發性棕紅色小丘疹，直徑2～10mm。臨床上很像尖銳濕疣，但組織學上類似鮑溫病的改變。作出這一診斷必須是專科醫師。

　　(5)珍珠樣丘疹病　發生于男性的龜頭，沿龜頭冠狀溝有排列整齊的大小一致的珍珠樣丘疹。本病病因不明，常見于青年男性。