尖銳濕疣可以發生癌變。15%陰莖癌、5%女陰癌及相當數量的肛門癌是在長期存在的尖銳濕疣的基礎上發生的。它們可以轉化為鱗狀細胞癌，這種轉化通常要5~40年。有學者報告，4.7%~10.2%的宮頸尖銳濕疣，經過一個長的潛伏期后可發展為原位癌或浸潤性癌。目前認為，尖銳濕疣與生殖器癌之間關系密切，特別是宮頸癌。