非淋菌性尿道炎的潛伏期一般為1~3周，發病較緩慢，而且相當部分的患者癥狀不明顯，往往被忽略了，合并淋病時病情易被淋病的癥狀掩蓋，給診治上帶來了很大的困難。

　　男性患者自覺尿道口刺癢、有燒灼感，尿道口紅腫充血、尿頻、尿急、有時有輕度排尿困難，如在較長時間不排尿，或晨起時尿道口有水樣或稀薄粘液流出。有時尿道口有一層痂皮似的薄膜“封口”，或者內褲上有污穢物，有些病人無尿道分泌物或者分泌量很少，需用力擠壓陰莖才有分泌物從尿道口溢出。

　　女性患者表現為白帶增多、陰道紅腫、子宮頸糜爛或有子宮頸炎并有少量分泌物，有的患者有輕微尿痛而無分泌物，還有些患者伴有腰疼但無任何其他癥狀。

　　非淋菌性尿道炎后應及時治療，如延誤時機，往往會引起許多合并癥。男性合并附睪炎或前列腺炎的較多。急性附睪炎可自覺單側睪丸疼痛、腫大、發硬，陰囊表面皮膚充血。在睪丸出現腫脹時，患者尿道分泌物往往消失，因而常會掩蓋病情。另外，男性也可引起精索和輸精管炎癥，造成不育癥。女性患非淋菌性尿道炎常常合并陰道炎、盆腔炎，嚴重的還會引起異位妊娠，不育癥，而盆腔炎等又可引起腹膜炎、輸卵管積膿和盆腔膿腫。患非淋菌性尿道炎的婦女在分娩過程中，往往還會感染新生兒，引起新生兒結膜炎，嚴重的還可以引起新生兒肺炎。患非淋菌性尿道炎的同性戀者，由于他們的異常性行為如肛交、口交等可造成直腸炎、咽炎或其他疾患。