首先要詢問病史，并且結合病人的癥狀和實驗室檢查結果才能做出正確。由于非淋菌性尿道炎癥狀有時不太明顯，有些條件差的醫療機構不能進行病原體檢測，所以對非淋菌性尿道炎的診斷仍需謹慎。

　　下面有三條標準對于非淋菌性尿道炎的診斷很重要：

　　1、有不潔性交史或配偶是性病患者。

　　2、臨床檢查有尿道水紅腫和有粘液分泌物或有時有少量分泌物。在排尿時尿道刺癢、尿急、尿頻癥狀。

　　3、尿道分泌物直接涂片檢查及細菌培養均無淋球菌可見，而查有衣沙眼衣原體或解脲支原體等。

　　如果具備上述三個條件，基本上就可診斷為非淋菌性尿道炎，并進行合理的治療。在缺乏化驗條件的基層醫療單位不能強求實驗室檢查。