小、陰莖發育不良及先天性畸形、系帶過短、尿道狹窄、包皮過長、包莖等，這些影響到正常的生理功能，給患者造成極大的心理痛苦。但通過治療后能獲得正常的生殖器外形，而且具備正常的生理功能。

1     包皮過長、包莖、包皮嵌頓

覆蓋在陰莖頭部一層薄薄的皮膚稱為包皮。包皮過長是指包皮將整個陰莖的龜頭包住，龜頭不能自然外露，但在清洗、手淫、性交時都可以使包皮翻轉，讓龜頭外露。嬰幼兒包皮過長往往是生理性的，到了青春期后陰莖頭仍遲遲不能顯露才能稱為包莖或包皮過長。

由于包皮外口過小，緊箍陰莖頭部不能向上外翻而外露陰莖頭，稱為包莖。緊箍陰莖頭可使陰莖發育延遲，而且包皮和陰莖頭之間的空隙中可積存一些分泌物，叫包皮垢。包皮垢長期刺激陰莖頭部引起病變，也是陰莖癌的主要發病原因之一。

包皮嵌頓是指包莖或包皮過長者，如將包皮強行上翻又不及時復位時狹小的包皮口勒緊在陰莖冠狀溝上，阻礙包皮遠端和陰莖頭的血液回流，致使這些部位發生腫脹。

2     小陰莖、隱匿型陰莖

小陰莖是一種較普通的先天性異常，陰莖長度比同齡人小2個標準差，稱為小陰莖。外生殖器尤其陰莖較小，可無陰囊，或不能摸到睪丸，前列腺亦特小。小陰莖應與隱匿陰莖區別。應排除其他內分泌和中樞神經系統的異常。骨骼的延遲生長，嗅覺缺失，學習能力低下，促腎上腺皮質激素（ACTH）和促甲狀腺激素（TSH）的缺乏，都與小陰莖有關。

隱匿型陰莖是由于恥骨前皮下脂肪豐富，而附著于陰莖體的陰莖皮膚不足，使原來正常的陰莖被埋藏于皮下，從外表看可見陰莖體短小。常合并包莖。

3     精索靜脈曲張

精索內睪丸靜脈形成的蔓狀叢發生擴張增粗或迂回彎曲稱為精索靜脈曲張。病人可以完全無癥狀。如有癥狀，一般均在久立后陰囊有墜痛，重時可牽涉同側下腹部或大腿內側。局部檢查在陰囊部位可見陰囊內有擴張和扭曲的淺藍色蔓狀血管叢，用手觸診可感覺到曲張靜脈像蚯蚓團狀，若平臥按壓靜脈團隨即消失，站立時復現。精索靜脈曲張病人精子數減少影響生育。此外有些病人出現精神不安、焦慮、失眠、全身乏力、陽萎等癥狀。嚴重的精索靜脈曲張可引起該側睪丸萎縮，病人因睪丸小而來就醫。

4     隱睪

隱睪是指一側或雙側睪丸停止與下降途中，而未進入同側陰囊。為男性生殖系統先天性異常中的常見疾病。隱睪患者并無自覺癥狀。主要表現為患側陰囊發育明顯不良，單側者表現左右側部對稱，雙側者陰囊扁平。由于隱睪周圍的溫度較陰囊內高，可導致不育而且隱睪者多半有鞘狀突未閉而發生腹股溝斜疝。