避孕丸具有的避孕功效雖屬可靠，有些婦女對服食避孕丸仍有較大的顧慮。有些在服藥期間會有許多不舒適的感覺與并發癥。即使在停止服藥后，尚需使用其他避孕方法，繼續避孕一個時期后才能懷孕，否則的話，尚有引致嬰兒的后患。

    澳洲的新南威爾斯大學的婦產科醫生們將一千名誕生雙胞胎的產婦，加以分析統計，發現停服避孕丸后六個月內懷孕者較多。未服避孕丸而懷雙胞胎者占少數。服藥產婦的雙胞胎中，誕生畸形兒的比例數較大，尤以停藥三個月以內者為最多。

    停藥以后的懷孕是生理現象，是不可避免的事，但對剛停止服用避孕丸的婦女們說來這卻是意外。由於有人以為服藥已久，停藥后在短期內是不會懷孕的，所以沒有繼續避孕。停藥懷孕這件事并不可怕，可怕的是誕下的嬰兒有畸形。

    避孕丸是兩種女性荷爾蒙組成的，服藥期間荷爾蒙對卵巢中的卵子已經產生了刺激作用，這就是停藥后，在短期內懷孕而誕生畸形兒的由來。若在停止服用避孕丸后，經過三次排卵，新的卵子未曾受過避孕丸的刺激而懷孕，就不會有畸形與怪胎的產生。因此聰明的婦女在停服避孕丸后，至少再避孕三個月以后再懷孕，才是安全之策。

    這種短期的避孕法最理想的是外用法，即男用的避孕套，或女用的子宮帽較實際而無副作用，不能用避孕針藥替代。避孕針藥也是荷爾蒙制劑，與避孕丸的作用相同，同樣地對卵子有一定的刺激作用的。